O Colégio Agostiniano São José pauta sua ação educativa na promoção de valores humano-cristãos, cultivando a formação religiosa dos alunos e dos colaboradores, articulando projetos, organizando e planejando ações pastorais que são fundamentadas em sua missão evangelizadora. Educa para atitudes éticas e solidárias, ancoradas no Evangelho de Jesus Cristo e na espiritualidade de Santo Agostinho.
A missão do Colégio consiste em promover uma educação integral e evangelizadora, para não deixar fora nenhuma dimensão humana. Educação e evangelização compartem os mesmos objetivos na ordem da plenitude do ser humano, ambas apontam aos valores, às aspirações mais profundas do homem, na busca da Verdade. O seguimento do Mestre Jesus Cristo, é nossa razão de ser como educadores agostinianos e a promoção dos valores humano-cristãos, a partir da espiritualidade de Santo Agostinho, define a nossa identidade.
Para que isso ocorra, o departamento de Pastoral realiza parcerias com os demais segmentos da escola para promover a formação religiosa dos alunos, em consonância com a missão da instituição.